第一次殷墟发掘结束，撤出小屯时，有高度责任心的董作宾，很担心发掘成功的消息传出后，引发新的盗掘狂潮。即致函省政府和安阳县政府，说明暂停发掘，请注意保护，严禁私人挖掘。又通过村长告知村民，偶然得到甲骨，不可卖给文物贩子，可通知安阳中学、彰德高中校长代为收购。
一九二八年的十一月，董作宾等人带着第一次发掘的收获，兴冲冲地返回开封，与拟上任的考古组主任李济会合。、
没想到，李济虽然也对大量出土甲骨文表示惊喜，同时却非常不客气地批评了第一次发掘殷墟的挖掘方式。
李济在后来的著作中曾做过这样的评价：第一次试挖“仍袭古董商陈法。就地掘坑，直贯而下；唯捡有字甲骨保留，其余皆视为副品。虽绘地图，亦太简略，且地层绪乱，一无记载。”
傅斯年对第一次试挖的过程和结果也不是完全满意，李济后来回忆，傅斯年说：“我等此次工作的目的，求文字（甲骨文）其次，求得地下知识其上也。”
只是寒冬已至，第一次试挖有不尽如人意之处也只能就此终止，静待冬去春来再进行第二次发掘。刚刚起步的中国考古学，只能把这些不尽如人意之处当做学费。
但是，董作宾这次以甲骨为主要目标、带有探宝性质的挖掘，仍然具有重大意义，它不仅结束了古玩爱好者“安乐椅上研究”的博家时代，更为后面的真正意义上的考古挖掘开启了道路。
李济和董作宾的第一次碰面，就产生了一个否定的结论，似乎并不愉快。而实际上，这两位学者都有足够宽阔的胸襟，业务、学术的探讨、争论开诚布公，毫不影响个人关系。
董作宾对李济的批评也虚心接受，两人还达成了一份“君子协定”：旧历新年后到安阳再联手搞一次试掘，董作宾研究其中的甲骨文，李济负责所有其他的出土文物。
一九二八年十二月，李济正式出任历史语言研究所考古组主任，从此殷墟考古发掘迎来了“掌门人”。
与此同时，傅斯年做出调整，把发掘组更名为“国立中央研究院河南殷墟发掘团”。
一九二九年春，李济主持的第二次殷墟发掘开始了。
正如发掘组新的名字一样，这次发掘明确把殷墟作为发掘对象，而不是单纯地挖掘甲骨，考古方式和工作原则发生了质的变化。
发掘之初，李济就提出考古不能有挖宝思想，“一切的原始材料，只要能体现人类的活动，哪怕是残陶碎骨，只要是经过有计划的科学方式采集得来的，就能显现真正的学术价值”。
这次挖掘中，李济提出了“科学”的考古概念：“科学的考古必须具有五个条件——必须有问题、必须有方法、记载必须精确、必须无成见、必须有耐心。”
在工作中，李济聘用了专业的测量员对遗址进行了测绘，以便更准确地描绘出以小屯为中心的详细地图。
他又在遗址内的若干地点以挖深沟的方法进行挖掘，主要的目的是要清楚地了解地层下地表的情况，以便找到甲骨堆积的特征。