至1930年7月，这批档案已清理出十之七八，其余部分均已破烂不堪，不少是片纸只字，无法连贯，整理起来十分困难。他们把这些未经整理的档案重新装入麻袋，打算日后再作处理。
在清理这批档案的同时，傅斯年制定了一个庞大的出版计划。他准备一边进行清理、分类、编目，一边刊布印行《明清史料》，将整理所得公之于世。
他在《〈明清史料〉发刊例言》中写道：
“此所刊布，皆整理中随时捡出，以为值得流通于世间者。最完美之办法为俟整理完事，再将一切认为可以刊印之篇，详加别择，以类相从，附以考证而刊行之。如此可为一个整个之制作。然似此事业，完工不可期之于十年之内。国内学人近年已甚注意档案一类之直接史料，不予刊布，无以答同祈求者之望。且订定考证之业，参加者多，成功益美。若先将“生材料”按月刊布之，则据以工作者不限吾等，凭作参考者不分地域，于是不待整理完功，先分期刊行之。”
按照这个原则，历史语言研究所于1931年将首批整理的档案公开刊布印行，取名《明清史料》。此次印行者称之为“甲编”，共有10册。
第1至6册乃整理档案时随意捡出的文件，包括明季边情，有关骚乱反叛事件的奏章、题本及沈阳旧档等。其中以顺治朝奏章为最多，涉及到郑成功、李定国、洪承畴等重要人物的史料皆有选录。
第7册为朝鲜史料。
第8至10册乃明季边情方面的文件。
1936年出版乙编、丙编各10册。
乙编第1至6册录明季边情文献。
第7、8、9册录东南沿海一带的海盗、山贼、红夷、倭患及黔、滇、川三省的土司文献。
第10册录农民起义方面的文献。
丙编第1册为沈阳旧档，第2册为洪承畴奏章，第3至10册为顺治朝奏章。
以上三编30册均为线装，由商务印书馆印行。
抗日战争爆发后，档案的整理、出版工作均告停顿。
抗日战争胜利后，丁编10册的篇目内容已经选定，但因时局动荡，迟迟未能付印。后来还是在1951年，由中国科学院整理后，交商务印书馆刊印面世。内容包括有关郑成功的史料、明季边情的文献，康熙朝奏章和三藩之乱的若干文献。
抗日战争爆发后，史语所取档案中之精华部分（约占原有件数的三分之一）随所搬迁。