1948年底1949年初，史语所迁至台湾的杨梅镇，这批档案则随之运台。
自20世纪50年代中叶至70年代，史语所继续刊印《明清史料》之戊、己、庚、辛、壬、癸各编。自甲编至癸编共100册，收录史料10000页。另外还刊印了李光涛等人选编的《明清档案存真选辑》三集。
运往台湾的清内阁大库档案共有31万件，至80年代中期已经整理出7万多件。约有三分之一的档案因腐烂霉变、水渍虫蛀而成为残屑碎片，另有三分之一未开箱检视，存于史语所傅斯年图书馆的地下室中。
1986年之后，因得到联经出版事业公司等单位的资助与合作，刊布印行之速度加快，至上世纪90年代中期，已出版近300册。这批珍贵档案资料的整理被列为台湾历史语言研究所的三大工程之一，准备将这些档案建成影像档，为人们提供网络检索与阅读的便利。
虽然，这其中很多的成果，已经是傅斯年离开中央史语所，甚至是他离世之后的事情。但可以想象，如果傅斯年泉下有知，一定会十分快慰。